Le retable majeur fut exécuté entre les années 1663 et 1671 par Pedro de Aloitiz, et c'est Miguel de Brevilla qui fut chargé des dorures et de la peinture de ce dernier. Il s'agit d'une oeuvre de style Renaissance, même si ses éléments décoratifs sont totalement baroques. Son schéma est celui d'une prédelle ou partie basse sur laquelle reposent 3 registres et 3 travées. Des deux côtés de la prédelle sont représentées l?Agonie de Jésus au Jardin des Oliviers et la Dernière Cène.
Le premier registre montre, d'un côté, un relief de l'Immaculée Conception, et de l'autre, la Nativité de Marie. Le second registre accueille une représentation de l'Annonciation, de l'Assomption et de la Visitation. Le troisième registre est consacré à la Fuite en Egypte, au Couronnement, et à la Vierge assise tenant l'Enfant. Les sculptures de Saint Pierre et de Saint Paul, Saint Ignace et Saint Roch, Saint Dominique et Saint François, séparent les trois travées.
Les retables latéraux ont été réalisés entre 1683 et 1686 par Pedro Aloitiz et Matheo de Azpiazu.
Celui qui se trouve du côté de l'Evangile est dédié à Notre Dame du Rosaire et est présidé par l'image de cette Vierge entourée de celles de Sainte Rose de Lima et de Sainte Rita de Norcia. Au second niveau apparaissent Saint Jean Baptiste, Saint Augustin et Saint Barthélemy; et la partie supérieure héberge Saint Antoine de Padoue.
Le retable situé dans la partie de l'Épître est présidé par une image de Saint Michel Archange, flanqué de Saint Bonaventure et de Sainte Thérèse d'Avila. Dans les autres niches, on peut reconnaître les images de Sainte Catherine, Saint Thomas et probablement, dans la partie la plus élevée, celle de Sainte Isabelle.