El retablo mayor fue ejecutado entre los años 1663 y 1671 por Pedro de Aloitiz, siendo Miguel de Brevilla el encargado de los dorados y pintura del mismo. Es una obra de estilo renacentista, aunque los elementos decorativos son totalmente barrocos. Su esquema es el de un banco o parte baja sobre el que se sitúan 3 cuerpos y 3 calles. A los dos lados del banco se representa la Oración del Huerto y la Última Cena.
El primer cuerpo muestra, a un lado, un relieve de la Inmaculada rodeada de una banda de rayos; y al otro, la Natividad de María. En el segundo cuerpo están representadas la Anunciación, la Asunción y la Visitación. El tercer cuerpo está dedicado a la Huída a Egipto, la Coronación y la Virgen sedente presentando al Niño. Separando las tres calles, se encuentran las esculturas de San Pedro y San Pablo, San Ignacio y San Roque, y Santo Domingo y San Francisco.
Los retablos laterales fueron realizados entre 1683 y 1686 por Pedro de Aloitiz y Matheo de Azpiazu.
El situado en el lado del Evangelio está dedicado a Nuestra Señora del Rosario y está presidido por la imagen de esta Virgen, flanqueada por las de Santa Rosa de Lima y Santa Rita de Norcia. En el segundo piso aparecen San Juan Bautista, San Agustín y San Bartolomé; y en el ático, San Antonio de Padua.
El retablo situado en la parte de la Epístola está presidido por una imagen de San Miguel Arcángel, flanqueado por San Buenaventura y Santa Teresa de Avila. En el resto de los huecos pueden reconocerse las imágenes de Santa Catalina, Santo Tomás, y probablemente, en la parte más alta, la de Santa Isabel Reina.